La famille Sonozaki d’Hinamizawa a séparé les sœurs jumelles Mion et Shion depuis toujours. Mion deviendra le prochain héritier de la famille Sonozaki, et Shion fréquentera l’Académie de Sainte-Lucie, loin de sa chère sœur et de leurs parents. Mais Shion s’échappe de l’école et retourne à Hinamizawa, inconsciente de la cruelle tragédie qui l’attend. Lorsqu’elle retrouve sa sœur et trouve un emploi à temps partiel – tout en se faisant passer pour Mion – elle rencontre Satoshi Houjou, un garçon de son âge dont elle tombe follement amoureuse. Mais lorsqu’elle apprend l’horrible situation familiale de Satoshi, elle commence à en vouloir à tout le monde dans sa maison, même à sa jeune sœur Satoko. Lorsque les tensions s’intensifient et que Satoshi disparaît brusquement, Shion commence à soupçonner que sa propre famille a peut-être quelque chose à voir avec sa disparition. Un an plus tard, Shion rencontre Keiichi Maebara, le coup de foudre de Mion. L’engouement de sa soeur pour Keiichi ravive ses anciens sentiments pour Satoshi et réveille un désir vicieux de découvrir une fois pour toutes la vérité sur sa disparition. Cependant, la quête de vérité de Shion va l’envoyer sur un sombre chemin de folie et de désespoir. L’histoire de Higurashi no Naku Koro ni est divisée en huit chapitres au total : quatre arcs « Question » et quatre arcs « Réponse ». Chaque chapitre conserve les mêmes personnages principaux, mais se termine d’une manière différente. Cependant, chaque chapitre donne des réponses, des indices et des pistes de valeur au chapitre précédent, tout en apportant encore plus de mystères. Les arcs de questions sont : 1. Higurashi no Naku Koro ni – Onikakushi-hen 2. Higurashi no Naku Koro ni – Watanagashi-hen 3. Higurashi no Naku Koro ni – Tatarigoroshi-hen 4. Higurashi no Naku Koro ni – Himatsubushi-hen Les arcs de réponse sont : 5. Higurashi no Naku Koro ni Kai – Meakashi-hen 6. Higurashi no Naku Koro ni Kai – Tsumihoroboshi-hen 7. Higurashi no Naku Koro ni Kai – Minagoroshi-hen 8. Higurashi no Naku Koro ni Kai – Matsuribayashi-hen Les arcs de l’histoire secondaire sont : Higurashi no Naku Koro ni – Onisarashi-hen Higurashi no Naku Koro ni – Yoigoshi-hen Higurashi no Naku Koro ni Kai – Utsutsukowashi-hen Higurashi no Naku Koro ni – Hirukowashi-hen Higurashi no Naku Koro ni – Kokoroiyashi-hen Higurashi no Naku Koro ni – Kataribanashi-hen Higurashi no Naku Koro ni Rei – Saikoroshi-hen Higurashi no Naku Koro ni Jan